El protomedicato fue una institución que veló por la salud de los vecinos que tenía carácter administrativo judicial y sus funciones principales fueron regularizar la labor de los que ejercieran cualquier tipo de atención sanitaria, otorgando licencias, fijando aranceles y vigilando el trabajo realizado en las boticas y la calidad de los medicamentos, a través de visitas periódicas. Pero, también, proponía medidas salubres e, incluso, disponía la movilización de personal médico a través del virreinato y participaba ante cualquier consulta de otras entidades coloniales, como el cabildo referentes a salud pública, como eliminación de acequias, declaración de pestes, y otros.